Una de las cosas más útiles de Bioperl es que te permite acceder a bases de datos en la red y a herramientas web desde un programa Perl, permitiendo así hacer análisis bioinformáticos complejos con muy poca infraestructura, tan sólo una conexión a Internet. La única precaución que debes tener es no sobrecargar de forma abusiva los servicios web que utilices, sólo podría perjudicarte.
En este ejemplo os muestro cómo obtener desde la red secuencias de GenBank(Benson et al., 2002) .
Se pueden consultar por esta vía además SwissProt (Boeckmann et al., 2003) , GenPept, EMBL y RefSeq.
#!/usr/bin/perl -w
# Ejemplo donde obtenemos por la red una secuencia de GenBank y la guardamos en formato FASTA
use strict;
use Bio::Perl;
my $gi = "NP_417816";
# ahora una de GenBank
my $secuenciaGenBank = get_sequence( 'genbank', '$gi' );
# escribe la secuencia en formato FASTA a un archivo
write_sequence(">$gi\.fas", 'fasta', $secuenciaGenBank);