Bioperl es un proyecto comunitario de código abierto que lleva ya más de 10 años produciendo aplicaciones escritas en Perl para la bioinformática, la genómica y las ciencias biológicas en general. El recurso bioinformático más llamativo hecho con Bioperl sea probablemente la base de datos Ensembl.
Según reza la el tutorial de Bioperl:
Bioperl does provide reusable perl modules that facilitate writing perl scripts for sequence manipulation, accessing of databases using a range of data formats and execution and parsing of the results of various molecular biology programs including Blast, clustalw, TCoffee, genscan, ESTscan and HMMER. Consequently, bioperl enables developing scripts that can analyze large quantities of sequence data in ways that are typically difficult or impossible with web based systems.
El proyecto distribuye programas y paquetes Perl (incluidos en CPAN) y tiene su propio tutorial y su documentación. El listado completo de los 500 módulos de Bioperl puedes encontrarlo aquí y ahí verás además documentación y ejemplos de cada módulo.
En este capítulo vamos a recorrer algunas de las utilidades de Bioperl, sobre todo a base de ejemplos y ejercicios.