Podéis descargaros la versión más reciente de
Bioperl. Para escribir estas páginas
yo descargé bioperl-1.5.tar.gz (core) y lo descomprimí con
tar xvfz bioperl-1.5.tar.gz
en un directorio. Una vez hecho esto puedes correr el programa
bptutorial.pl
que te muestra algunas de las cosas que puedes hacer con Bioperl, con estos argumentos:
1 => sequence_manipulations 2 => seqstats_and_seqwords 3 => restriction_and_sigcleave 4 => other_seq_utilities 5 => run_perl 6 => searchio_parsing 7 => bplite_parsing 8 => hmmer_parsing 9 => simplealign 10 => gene_prediction_parsing 11 => access_remote_db 12 => index_local_db 13 => fetch_local_db (NOTE: needs to be run with demo 12) 14 => sequence_annotation 15 => largeseqs 16 => liveseqs 17 => run_struct 18 => demo_variations 19 => demo_xml 20 => run_tree 21 => run_map 22 => run_remoteblast 23 => run_standaloneblast 24 => run_clustalw_tcoffee 25 => run_psw_bl2seq
Una buena manera de iniciarse en las capacidades de Bioperl es revisar el código de bptutorial.pl.
Para instalar el paquete seguid las instrucciones que ya vimos en la sección 3.4.2.