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Descargando Bioperl

Podéis descargaros la versión más reciente de Bioperl. Para escribir estas páginas yo descargé bioperl-1.5.tar.gz (core) y lo descomprimí con tar xvfz bioperl-1.5.tar.gz en un directorio. Una vez hecho esto puedes correr el programa bptutorial.pl que te muestra algunas de las cosas que puedes hacer con Bioperl, con estos argumentos:

1  => sequence_manipulations
2  => seqstats_and_seqwords
3  => restriction_and_sigcleave
4  => other_seq_utilities
5  => run_perl
6  => searchio_parsing
7  => bplite_parsing
8  => hmmer_parsing
9  => simplealign
10 => gene_prediction_parsing
11 => access_remote_db
12 => index_local_db
13 => fetch_local_db    (NOTE: needs to be run with demo 12)
14 => sequence_annotation
15 => largeseqs
16 => liveseqs
17 => run_struct
18 => demo_variations
19 => demo_xml
20 => run_tree
21 => run_map
22 => run_remoteblast
23 => run_standaloneblast
24 => run_clustalw_tcoffee
25 => run_psw_bl2seq

Una buena manera de iniciarse en las capacidades de Bioperl es revisar el código de bptutorial.pl.

Para instalar el paquete seguid las instrucciones que ya vimos en la sección 3.4.2.


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Bruno Contreras Moreira 2007-06-15