Cómo mencionamos en la sección 4.1, el uso de secuencias nos permite simplificar la manipulación y la inferencia con moléculas biológicas. Sin embargo, no todas las propiedades moleculares pueden ser capturadas por una sola secuencias de caracteres ni pueden ser calculadas a partir de ella.
En las siguientes secciones utilizaremos el formato PDB ( Protein Data Bank), que ya tocamos en la sección anterior, para codificar la estructura tridimensional de macromoléculas biológicas, sobre todo proteínas y ácidos nucléicos, por medio de las coordenadas cartesianas de sus átomos, deducidas experimentalmente.