Comparación y alineamiento estructural de proteínas y MAMMOTH

Empezaremos por ver qué relación hay entre la secuencia y la estructura de las proteínas, leyendo este artículo fundamental de Chothia & Lesk (1986). Que yo sepa no hay un trabajo similar hecho con los ácidos nucleicos, quizás porque el número de ácidos nucleicos de los que conocemos su estructura es menor y porque con el ADN, al ser helicoidal, no tiene tanto interés.

Una vez entendido el concepto de correlación entre similitud a nivel de secuencia y a nivel de estructura, vamos a trabajar con el programa MAMMOTH (Ortiz et al., 2002):

• primero toma el programa de /home/bioinfo/soft e instálalo en tu home
• visita el sitio de SCOP y selecciona parejas de estructuras de proteínas que pertenezcan al mismo plegamiento, superfamilia o familia u compáralas con MAMMOTH
• prueba a visualizar la superposición generada con Rasmol
• explora el uso de MAMMOTH para comparar una estructura problema contra una biblioteca de estructuras en formato PDB. Para ello visita /home/bioinfo/db/scoplibrary y mira a ver a qué plegamiento de estos se parece la luciferasa bacteriana LuxA