Con las herramientas que hemos estado manejando hasta ahora ya estamos en disposición de modelar proteínas, si nos surgiera esa necesidad. Por modelar quiero decir hacer una predicción de cómo se disponen los átomos de una proteína conocida su secuencia. Las aplicaciones que puede tener un modelo son amplias, desde la biología molecular al diseño de fármacos, pasando por la inferencia evolutiva y funcional.