Cadenas laterales y SCWRL

En esta sección veremos que en ocasiones podemos asumir que el esqueleto peptídico de una proteína (en inglés backbone) no va a variar mucho al cambiar su secuencia. Esto puede tener aplicaciones como la que vemos en este artículo de Reina et al. (2002), donde se rediseña una proteína para cambiar su afinidad por un ligando.

Como ejercicio para poner estas cosas en práctica sugiero aprender a utilizar el programa SCWRL, diseñado por Bower et al. (1997), que encontraréis en /home/bioinfo/scwrl. SCWRL, que en inglés se pronuncia algo así como 'ardilla', calcula las cadenas laterales de una proteína dada la geometría de su esqueleto. Para ello utiliza una librería de cadenas laterales precompiladas, extraídas del Protein Data Bank, cuyas orientaciones (rotámeros) dependen de la geometría local del esqueleto:

• identifica y obtén las estructuras PDB utilizadas en el artículo de Reina et al. (2002), ¿cuál de ellas incluye las coordenadas de un péptido? Selecciona esa.
• usado SCWRL calcula los rotámeros más adecuados para el péptido y compáralos con los del PDB.
• con SCWRL muta el péptido ligando usando algunas de las secuencias del artículo. Deberás utilizar la opción -s
• para cada péptido mutante, en formato PDB, calcula usando SCWRL los rotámeros más adecuadas de los resíduos del dominio PDZ que lo reconoce. ¿Ves qué residuos han cambiado de rotámero?
• Prueba a hacer las mutaciones adecuadas para que cada dominio PDZ reconozca cada péptido, según el artículo.