Soluciones

Si has entendido el código habrás concluído que básicamente el programa copia coordenadas del esqueleto polipeptídico del molde siguiendo el alineamiento proporcionado y mutando los residuos necesarios. Ten en cuenta que ésta es una aproximación sencilla al modelado comparativo, en realidad los algoritmos suelen ser más complejos, pero todos parten de esta base. Si te defiendes con perl u otros lenguajes de programación estructurada llegarás a una solución parecida a modelcomp.pl. Ejecutándolo en la línea de comandos perl modelcomp.pl tetraodon.align 1lfu.pdb habrás obtenido un modelo comparativo en formato PDB como tetraodon.model.

Si copias las coordenadas del modelo y las pegas en el servidor de STRIDE (Frishman & Argos, 1995), habrás obtenido una asignación de estructura secundaria como stride.out, en la que se incluyen 10/69 residuos T y 53/69 H. Sustituyendo obtenemos:

$ln K_{p} = 1.3 + 10.7 + 0 + 1.8 - 2.8 = 11$

$K_{p} = e^{11} s^{-6} \approx 0.06 s^{-1}$

En cuanto a las conformaciones, nuestra secuencia problema tiene 77 residuos, así que de acuerdo con las cuentas de Levinthal, considerando 10 conformaciones posibles por residuo, tiene un total de $10^{77}$ conformaciones posibles y explorando cada una de ellas en $10^{-13} s$ tardaríamos $10^{64}s$ en total.