Si leemos las primeras líneas de tetraodon_1puf.model veremos que el molde utilizado es 1puf_B, o lo que es lo mismo, la cadena B del molde 1PUF, una proteína que contiene un homeodominio de reconocimiento y unión a motivos de ADN, como podemos ver aquí. Por esta razón es probable que nuestra proteína también se una al ADN, puesto que ha conservado una estructura tridimensional muy similar.
Esta hipótesis se ve reforzada al analizar los resultados proporcionados por NETASA, unnamed.netasa, que predice con una elevada probabilidad que nuestra proteína se unirá a moléculas de ADN.
En cuanto al análisis del ADN contenido en 1puf.pdb, WEBTHERMODYN nos dice (unnamed.webthermodyn) que la zona más inestable del dúplex de ADN es la ventana TCTAT. Por ahí costaría menos energía desnaturalizar la molécula.
Finalmente, la predicción de curvatura unnamed_bendit.gif nos sugiere que el centro del dúplex ACTCTATGATTTACGACGCT es la zona más propensa curvarse, a pesar de que la curvatura observada en 1puf.pdb con rasmol es pequeña.
