Ejercicio con herramientas web

Lo primero que podemos hacer con esta secuencia, desde el punto de vista de la bioinformática estructural, es tratar de modelar su estructura molecular. La razón es que la estructura a menudo nos dice mucho sobre su posible función biológica.

Para ello utilizaremos alguno de los servidores públicos de modelado contenidos en esta tabla. Tenéis que pegar la secuencia y esperar a recibir los resultados por correo electrónico, para obtener algo como este tetraodon_1puf.model. Podéis ampliar este punto aquí.

Aquí empieza vuestro trabajo.

1. échale un vistazo al archivo tetraodon_1puf.model, visualízalo con rasmol en la línea de comando y averigua qué molde (template en inglés) se utilizó en su construcción.

2. infórmate sobre el molde utilizado en la página web del Protein Data Bank y visualizando sus coordenadas 1puf.pdb con rasmol.

3. ¿qué función es probable que tenga nuestra proteína problema?

4. comprueba usando el servidor NETASA si hay argumentos que apoyen nuestra hipótesis sobre la función de la proteína problema.

5. usando la secuencia del dúplex de ADN contenido en el archivo en formato PDB del molde (1puf.pdb), ACTCTATGATTTACGACGCT, utiliza el servidor WEBTHERMODYN para analizar qué regiones de la molécula son más fáciles de desestabilizar. Para ello usa un step size = 1 y un window size = 5.

6. estima la curvatura de la secuencia ACTCTATGATTTACGACGCT usando el servidor BENDIT. Prueba por ejemplo con un tamaño de ventanas de 5 resíduos.

7. puedes utilizar el servidor MDDNA para generar conformaciones alternativas de esa secuencia de DNA.