Estructura secundaria

Para neutralizar las cargas polares del esqueleto peptídico, las proteínas adoptan conformaciones que maximizan la formación de puentes de hidrógeno, gracias a la libertad de giro de los enlaces situados inmeditamente antes y después del enlace peptídico. Esto lo hacen principalmente formando $\alpha$ -hélices dextrógiras, láminas $\beta$ , como se muestra en las figuras 1.8 y 1.9, y giros de varios tipos, en menor medida.

**Figura 1.8:** Esquema de alfahélice en una cadena polipeptídica, tomado de http://www.chembio.uoguelph.ca.
$\begin{figure} \begin{center} \includegraphics[width=0.8\textwidth]{est2protH} \end{center} \end{figure}$

**Figura 1.9:** Esquema de láminas beta en una cadena polipeptídica, tomado de http://www.chembio.uoguelph.ca.
$\begin{figure} \begin{center} \includegraphics[width=0.8\textwidth]{est2protE} \end{center} \end{figure}$

La estructura secundaria de las proteínas se representa en bioinformática de forma similar a la secuencia primeria, asignando a cada residuo una letra que identifica el estado de estructura secundaria en que se encuentra. Se suele identificar a los residues de una $\alpha$ -hélice con

, los de una lámina $\beta$ con

y los demás con

, del inglés coil. Cuando la estructura secundaria es de especial interés se identifican varios subclases de C, como T (del ingles turn) o B (de horquilla $\beta$ . La misma secuencia que vimos antes podría tener esta estructura secundaria:

La estructura secundaria de los ácidos nucleicos está también basada en la formación de puentes de hidrógeno, dada la naturaleza polar de los nucleótidos. Para el caso del ADN, como se muestra en la figura 1.10, el repertorio de puentes de hidrógeno posibles es muy limitado: adenina (A) con timina (T) y guanina (G) con citosina (C).

**Figura 1.10:** Posibles emparejamientos de bases en el ADN, figura tomada de http://superfund.pharmacy.arizona.edu.
$\begin{figure} \begin{center} \includegraphics[width=0.8\textwidth]{est2adn} \end{center} \end{figure}$

Estos emperajamientos son la base de la estructura secundaria de los ácidos nucleicos, que suelen ser patrones repetidos helicoidales. En el caso del ADN se suelen formar entre dos polinucleótidos de secuencia complementaria, mientras que en el ARN son estructuras que se forman dentro del mismo polinuclétido.

**Figura 1.11:** Ejemplo de estructura secundaria de una molécula de ARN, tomado de http://www.bioinfo.rpi.edu.
$\begin{figure} \begin{center} \includegraphics[width=0.8\textwidth]{est2arn} \end{center} \end{figure}$