Estructura primaria

La estructura primaria de una proteína se corresponde con la secuencia lineal de aminoácidos codificada en su correspondiente unidad de transcripción y suele representarse por medio de una cadena donde cada letra identifica a un aminoácido o residuo. Por ejemplo, los primeros 30 aminoácidos de la proteína insulina de la mosca Drosophila melanogaster son:

MFSQHNGAAV HGLRLQSLLI AAMLTAAMAM...

donde por ejemplo $M$ es metionina, $Q$ es glutamina o $A$ es alanina (ver tabla 1.1). El sentido de la cadena es desde el extremo aminoterminal hacia el carboxiloterminal.

Tabla 1.1: Nomenclatura de los 20 aminoácidos esenciales

A	ALA	Alanina		M	MET	Metionina
C	CYS	Cisteína		N	ASN	Asparagina
D	ASP	Aspartato		P	PRO	Prolina
E	GLU	Glutamato		Q	GLN	Glutamina
F	PHE	Fenilalanina		R	ARG	Arginina
G	GLY	Glicina		S	SER	Serina
H	HIS	Histidina		T	THR	Treonina
I	ILE	Isoleucina		V	VAL	Valina
K	LYS	Lisina		W	TRP	Triptófano
L	LEU	Leucina		Y	TYR	Tirosina
X	-	desconocido

De igual manera, la estructura primaria de los ácidos nucleicos es su secuencia de nucleótidos, que tiene un sentido dado por la dirección de los enlaces fosfodiéster. De igual modo se suele representar de forma simplificada, asignando una sola letra a cada nucleótido, o mejor dicho, a cada base nitrogenada. Además se suele usar el sentido 5'-3'. Por ejemplo, el principio del gen de la insulina de la mosca Drosophila melanogaster tiene una secuencia similar a:

5' atgtttagcc agcacaacgg tgcagcagta 3'

donde $A$ es adenina, $T$ timina, $C$ citosina y $G$ guanina. En el caso del ADN, que como veremos suele formar una doble hélice antiparalela, se sobreentiende que hay una secuencia complementaria que corre en sentido opuesto. En este caso sería:
5' atgtttagcc agcacaacgg tgcagcagta 3'
3' tacaaatcgg tcgtgttgcc acgtcgtcat 5'