Predicción de desorden en proteínas y DISOPRED

En la sección anterior vimos un método que permite reconocer regiones estructuradas dentro de la secuencia de una proteína. En esta sección veremos una herramienta complementaria, llamada DISOPRED, que está basada en la anterior, que además de reconocer elementos de estructura secundaria, calcula la probabilidad empírica de que cada aminoácido de la proteína este desordenado, sin pertenecer a ninguna clase de estructura secundaria, en la forma biológicamente activa de una proteína.

Ahora, como ejercicio, la idea es aprender a utilizar DISOPRED, disponible en /home/bioinfo/psipred/:

• el primer paso es comprobar qué tipo de archivo es rundisopred y comprender sus tripas
• ¿qué base de datos está utilizando rundisopred en sus búsquedas?
• ¿sabrías cómo copiar rundisopred a tu home y modificarlo convenientemente?
• localiza una proteína en el Protein Data Bank o en Disprot y compara la estructura secundaria conocida (usando STRIDE en /home/bioinfo/stride) con la predicha por DISOPRED. ¿Contiene alguna región desordenada?