Predicción de estructura secundaria de proteínas

La estructura secundaria es una propiedad estructural de las proteínas que puede predecirse con bastante precisión a partir de su secuencia. Hay una gran variedad de algoritmos y aproximaciones válidas para este problema, pero todos ellos suelen predecir para cada residuo un estado seleccionado de un repertorio de tres: hélice alfa, lámina beta y algo así como lazo (coil en inglés. El conocimiento de la estructura secundaria de una proteína puede tener muchas aplicaciones a la hora de diseñar experimentos y a la hora de diseñar algoritmos que predicen la estructura terciaria de una proteína.

Veamos una buena exposición de este tema en este artículo de Jones (1999), donde se presenta la herramienta PSIPRED y sus algoritmos subyacentes.

$$Q_{3} = \sum_{(i=H,E,C)}\frac{pred_{i}}{obs_{i}} \times 100$$ (5.1)

$$Sov = \frac{1}{N} \sum_{s}\frac{minsolap (s_{obs},s_{pred})}{maxsolap (s_{obs},s_{pred})} \times 100)$$ (5.2)