Diseño de primers para PCR

La reacción en cadena de la polimerasa tiene muchas aplicaciones en biología, medicina y biotecnología. Todas estas aplicaciones dependen del empleo de parejas de cebadores o primers, oligonucleótidos que sirven de puntos de arranque de la actividad polimerasa. En concreto, la extensión de los cebadores se da en su extremo 3'. Por estas razones es deseable que los cebadores usados en una PCR cumplan ciertas condiciones, todas ellas calculables desde su secuencia:

• deben tener longitudes de entre 19 y 25 nucleótidos
• deben ser ricos en contenido en GC
• el contenido en GC de los cebadores de la misma reacción debe ser similar
• deben ser complementarios a las regiones deseadas, aunque admiten degeneraciones
• las temperaturas de fusión de los primers usados en la misma reacción deben ser similares, normalmente $T_{m} > 58$
• es requisito que las secuencias de los cebadores no formen horquillas (hairpins) internas ni sean complementarias entre si.

En la Web hay ejercicios para aprender a diseñar primers como éste y éste otro.

El artículo de Rose et al. (2003), disponible aquí, presenta una de las aplicaciones del diseño de primers degenerados.

La tarea de hoy incluye:

• usar el servidor web de CODEHOPS con este alineamiento,
• para ello primero hay que cortar el alineamiento en bloques conservados y
• luego ejecutar codehops
• finalmente, es necesario emparejar codehops que podríamos usar en una PCR, que evaluaremos con este programa python checkprimers.py