Estabilidad de un dúplex de ADN

El artículo de Kanhere & Bansal (2005), disponible aquí, presenta un método de predicción de regiones promotoras en bacterias que se basa en el cálculo de la estabilidad helicoidal del ADN cromosómico en tales regiones. Sin saber muchos de los detalles moleculares del proceso de expresión génica, este trabajo sugiere que un gen, para ser expresado, requiere que el complejo de transcripción abra la doble hélice de ADN.

Para acercarnos a lo que hicieron Kanhere & Bansal (2005) podemos utilizar el programa calculateGibbs.pl, escrito en Perl, y el archivo K12_400_50_sites, que contiene las secuencias promotoras de los genes de Escherichia coli de las que conocemos al menos un sitio de pegado de factores de transcripción. Los ejercicios propuestos son:

• explora el código de calculateGibbs.pl, ¿qué partes no entiendes?
• ¿serías capaz de modificarlo para adaptarlo a los métodos del artículo?
• representa gráficamente el perfil de energías de una región promotora y comprueba si se parece a los resultados del artículo
• si resolviste el punto anterior, ¿eres capaz de localizar en la secuencia una posible secuencia promotora?
• ¿por qué crees que el contenido en GC del genoma con que trabajas es importante para aplicar este algoritmo?