Ahora que hemos visto cómo hacer alineamientos múltiples con CLUSTALW (sería similar con otras herramientas, como T-COFFEE, por ejemplo), estamos ya preparados para aprender a utilizar perfiles de secuencias. Para ello propongo la lectura de este artículo pionero de Gribskov et al. (1987), donde se utilizaron perfiles de secuencias para alinear secuencias muy divergentes.
En breve, definiremos un perfil como una forma condensada de alineamiento múltiple que a su vez puede alinearse con más secuencias. Un perfil consta de una secuencia (de aminoácidos o nucleótidos) donde para posición conocemos las frecuencias de sustitución. Al contrario de cuando usamos matrices de sustitución de propósitos general, como BLOSUM, 2 alaninas en la misma proteína pueden tener diferentes tendencias de sustitución evolutiva. Hay diferentes maneras de implementar perfiles de secuencia, aquí veremos la más sencilla, pero debemos saber que hay otras más complejas, basadas por ejemplo en modelos de Markov, que no sólo incluyen las frecuencias locales de sustitución sino también frecuencias de apertura de gaps en cada posición de la secuencia.