Ejemplo del uso de perfiles

Para entender mejor estas palabras lo mejor es, de nuevo, volver a casos reales. Para ello utilizaremos CLUSTALX, la versión gráfica de CLUSTAL, que ya tenéis instalada en vuestro sistema, y PSI-BLAST, la versión iterativa de BLAST :

• genera un perfil de secuencias, a partir de secuencias utilizadas en la clase anterior, usando CLUSTALX.
• alinea alguna secuencia de las iniciales contra el perfil generado.
• prueba a utilizar blastpgpg con alguna de las secuencias iniciales, usando 3 iteraciones, contra la base de secuencias SCOP. ¿Cómo crees que utiliza PSI-BLAST los perfiles?
• ¿pare qué sirve la opción -Q de blastgp? ¿Qué es el archivo que genera?