Ejemplo de aplicación de CLUSTAL

La mejor manera de aprender a usar CLUSTAL es con un ejemplo real. A menudo se hace necesario un alineamiento múltiple con secuencias que hemos seleccionado con BLAST, FASTA u otra herramienta de búsqueda. Precisamente os propongo que:

• hagáis un alineamiento global con CLUSTALW entre 2 secuencias. ¿Se parece al alineamiento generado por bl2seq, del paquete BLAST?
• hagáis una búsqueda BLAST y seleccionéis algunas de las secuencias encontradas, escribiendo código en Perl que os asista en esta tarea
• una vez identificadas algunas secuencias, tomad sus secuencias enteras y alineadlas con CLUSTALW, también por medio de un script.
• comparéis el alineamiento anterior con el alineamiento generado la semana anterior con MVIEW.
• prueba a instalar el programa MUSCLE y compara sus alineamientos con los CLUSTAL.