De nuevo os sugiero la lectura atenta de Thompson et al. (1994), escrito por los autores del programa CLUSTAL, y disponible aquí.
En breve, CLUSTAL es un programa que permite hacer alineamientos globales de proteínas y ácidos nucleicos y que además tiene un algoritmo heurístico progresivo, bastante rápido, para calcular alineamientos múltiples. En combinación con herramientas como BLAST, CLUSTAL es muy útil para definir familias de proteínas y de ácidos nucléicos.
Al igual que BLAST, también hay servidores web para correr CLUSTALW sin necesidad de instalar software, pero asimismo tiene ventajas instalarlo localmente, sobre todo para correr trabajos de alineamiento múltiple a gran escala y tener todo el proceso bajo control.
Ya tenéis CLUSTALW instalado en el sistema, pero es fácil descargar la última versión aquí.
CLUSTALW es un programa con menús de texto, como podéis comprobar tecleando en un terminal:
$ clustalw
El programa tiene toda una serie de opciones, puede convertir formatos y hacer árboles filogenéticos,
pero de momento aquí veremos su capacidad para hace alineamientos múltiples, la opción 2.