Ejemplo de aplicación de BLAST

Lo mejor es que llevemos a la práctica estas cosas, con secuencias reales, extraídas de proyectos de secuenciación reales . Os sugiero que juguéis con algunas secuencias y que:

• creéis vuestra propia base de datos de secuencias, con formatdb, por ejemplo con secuencias de SCOP que podéis tomar de aquí.
• que uséis SEG para filtrar las regiones de baja complejidad y veáis el efecto sobre las puntuaciones de los alineamientos.
• que tratéis de ver la bidireccionalidad de BLAST, viendo si una secuencia A encuentra a otra B y luego si B encuentra a A con alineamientos similares.
• que descarguéis y probéis MVIEW, y guardéis los alineamientos apilados generados para la siguiente clase.