Por defecto, BLAST muestra una lista de secuencias encontradas de como máximo 500 secuencias (parámetro
-v),
y para cada una de ellas muestra su puntuación en bits y su significancia estadística.
Asimismo, por defecto muestra un máximo de 250 alineamientos (parámetro
-b).
BLAST sólo muestra información de los alineamientos que tengan un valor esperado (en inglés e-value)
igual o menor que un límite predefinido (parámetro
-e),
que por defecto vale 10. Pero, ¿qué significa este valor? Es el número de secuencias, respecto al tamaño de la
base de datos que estamos usando, que obtendrían la misma puntuación por azar al ser alineadas. Por tanto, cuanto mayor sea
el tamaño de la biblioteca de secuencias que estamos explorando, más significativos serán los valores esperados.
Este valor de expectancia no tiene ninguna interpretación biológica, es una cantidad estadística, y dependiendo de qué inferencias estemos haciendo puede tener diferentes sentidos.
Si la secuencia que estamos usando para hacer una búsqueda BLAST es muy larga, entonces es probable que los alineamientos locales que encuentre BLAST para ella cubran diferentes partes de la secuencia. Una manera visual de observar esto es mediante el programa MVIEW (Brown et al., 1998), que podéis descargar de aquí .