Cómo hacer una búsqueda BLAST contra una base de datos de secuencias

Se pueden hacer varios tipos de búsquedas con BLAST, como podemos ver aquí, pero las dos representativos son blastp y blastn, para hacer búsquedas de secuencias de proteínas y nucleótidos respectivamente. Todas estas búsquedas se realizan con el mismo ejecutable, llamado blastall, que podemos invocar de esta manera para que nos muestre todas sus posible opciones:
$ blastall -

Las opciones más destacadas serían:

blastall 2.2.13   arguments:

  -p  Program Name [String]
  -d  Database [String]
    default = nr
  -i  Query File [File In]
    default = stdin
  -e  Expectation value (E) [Real]
    default = 10.0
  -m  alignment view options:
0 = pairwise,
1 = query-anchored showing identities,
2 = query-anchored no identities,
3 = flat query-anchored, show identities,
4 = flat query-anchored, no identities,
5 = query-anchored no identities and blunt ends,
6 = flat query-anchored, no identities and blunt ends,
7 = XML Blast output,
8 = tabular,
9 tabular with comment lines
10 ASN, text
11 ASN, binary [Integer]
    default = 0
  -o  BLAST report Output File [File Out]  Optional
    default = stdout
  -F  Filter query sequence (DUST with blastn, SEG with others) [String]
    default = T
  -v  Number of database sequences to show one-line descriptions for (V) [Integer]
    default = 500
  -b  Number of database sequence to show alignments for (B) [Integer]
    default = 250
  -M  Matrix [String]
    default = BLOSUM62

Una manera muy sencilla de correr BLAST sería:
$ blastall -p blastp -i misecuencias.fas -d basedesecuencias
De esta manera los resultados de BLAST se muestran en la salida estándar (pantalla), al no especificar la opción -o. En este caso buscamos contra una biblioteca de secuencias llamada basedesecuencias, y esa búsqueda se realiza con todas las secuencias (al menos una) que haya, en formato FASTA, dentro de misecuencias.fas. Esta búsqueda se hace con todos los parámetros de BLAST con sus valores por defecto.