Dentro del mundo Open Source, la mayoría de los paquetes para tratamiento estadístico de datos de microarreglos se basan en la plataforma R y la biblioteca de paquetes Bioconductor, que no tienen mucho que ver con Perl.
Pero sí hay otros paquetes escritos en Perl para estos fines, como GP3, AMAD: Another Microarray Database, Statistics tools for gene expression o cellwall.stanford.edu/scripts/. Google os dará muchos más, así que, como otras veces, vale la pena ver por ahí que hay hecho antes de lanzarnos a escribir nosotros programas que ya existen.
Cuando hablamos de microarreglos normalmente hablamos de matrices muy grandes donde cada fila normalmente se corresponde con un gen. En Perl es muy sencillo manejar este tipo de datos, como veremos en el siguiente ejemplo.