En ocasiones puede ser de interés modelar moléculas de DNA de doble hélice, como vimos previamente a la hora de localizar promotores en genomas, como se discute en este artículo de Michael Gromiha et al. (2004), para estudiar el modo de reconocimiento de secuencias de DNA por parte de factores de transcripción.
En esta clase usaremos el paquete de programas X3DNA, disponible en forma de binarios para diferentes arquitecturas, con el fin de analizar la conformación de moléculas de DNA (resueltas por cristalografía on NMR) y de modelar secuencias de acuerdo a conformaciones conocidas del esqueleto helicoidal.
Las tareas requeridas para esta clase son:
X3DNA/Examples/Analyze_Rebuild/README con tu molécula de DNA.
Existen servidores web como MDDNA o READOUT que pueden ser útiles en estas tareas.