Alineamientos

¿Qué es un alineamiento?
Un alineamiento es una comparación que hacemos entre 2 ó más secuencias con las siguientes condiciones:

• apilamos una secuencia encima de la otra
• insertamos espacios o gaps entre las letras para maximizar el número de letras iguales o similares encimadas
• no se permite encimar espacios
• se permiten gaps al principio o al final de las secuencias

¿Qué significado tiene un alineamiento?
La respuesta depende del contexto. Dentro del análisis de secuencias biológicas, los alineamientos se utilizan como predictores de función, estructura o evolución. Si una secuencia A de función desconocida se parece a otra B que sabemos es una enzima de membrana, podemos predecir con cierto margen de error que A será también una enzima de membrana. El alineamiento de A con B será entonces esencial para decidir cuánto se parecen A y B. Estas predicciones son posibles porque sabemos que los seres vivos han reutilizado masivamente sus genes y proteínas y que genes similares, en organismos tan distantes como las levaduras y los seres humanos, tienen funciones similares.

Ejemplo de alineamiento de dos secuencias de ADN con 2 gaps, observa que no todas las letras alineadas son idénticas:
aagtaaa-agcaggacggggcagcc-
atgtttacagcacaacggtgcagcag