Llegados a este punto ya podemos estudiar los principales algoritmos que se han aplicado al problema del plegamiento y a la predicción de estructura de macromoléculas. Podemos clasificarlos por el nivel de detalle atómico que utilizan. La escala va desde métodos que modelan cada uno de los átomos de las macromoléculas en cuestión y del solvente en que se encuentran, hasta métodos donde se manejan aminoáciodos o incluso elementos de estructura secundaria como un todo y se ignora o modela de forma implícita el solvente.