RSPerl: invocar R desde perl

En esta sección veremos como se puede utilizar el poderoso ambiente de programación estadística R, que tantas aplicaciones tiene en el tratamiento estadístico de datos, incluyendo datos biológicos y *ómicos. Para ello debes descargar e instalar el paquete RSPerl, con dos sencillos pasos:

• descarga y desempaqueta R y genera R como librería compartida:

  ./configure --enable-R-shlib
  make
  

• una vez tenemos R compilado y hemos añadido el directorio de R en $PATH podemos hacer tar zxf RSPerl_0.9-0.tar.gz seguido de

  R CMD INSTALL --configure-args='--with-in-perl' RSPerl

• ya podemos llamar a R desde un programa perl añadiendo use lib "/path/to/R-2.5.0/library/RSPerl/perl/i386-linux";

  En el siguiente programa muestro un ejemplo:

  #!/usr/bin/perl -w
  use strict;
  use lib "/path/to/R-2.5.0/library/RSPerl/perl/i386-linux/";
  use R;
  use RReferences;
  
  R::initR("--silent");
  R::library("RSPerl");
  
  # input data
  my @x = (44.4, 35.9, 41.9, 100.3, 60.7, 84.1, 105.7, 45.2, 60.1);
  my @y = ( 2.2,  1.7,  2.0,  5.0,  3.6,  4.0,  5.2,  2.8,  3.8);
  
  # correlation
  my $test = "spearman";
  my $corr = R::callWithNames("cor.test",{'x'=>\@x,'y'=>\@y,'method'=>"$test"});#pearson,spearman
  
  my $corr_coef = $corr->getEl("estimate"); # hacer edit(corr) en R para ver sus atributos
  my $pvalue = $corr->getEl("p.value");
  print "# $test : coef=$corr_coef p=$pvalue (h0: coef==0)\n";
  
  # plot scatterplot & regression line
  my $plotfile = "corr.png";
  my $dataframe = R::callWithNames("data.frame", {'x', \@x, 'y', \@y});
  my $linearfit = R::call("lm","y~x",$dataframe);
  R::call("png","$plotfile");
  R::callWithNames("plot", {'x',\@x,'y',\@y,'ylab'=>'y','xlab'=>'x','main'=>'title'});
  R::call("abline",$linearfit);
  R::call("dev.off");