Ahora os toca a vosotros. La tarea es que uséis la matriz de sustitución generada en el ejemplo anterior para evaluar este alineamiento en formato FASTA:
>unnamed ------KNATRESTSTLKAWLSEHRKNPYPTKGEKIMLAIITKMTLTQVSTWFANARRRLKKENKMTWTPRNRTDEEGNVYSS------ >PDB1LFU M.musculus DNA-binding protein MARRKRRNFNKQATEILNEYFYSHLSNPYPSEEAKEELAKKSGITVSQVSNWFGNKRIRYKKN-------IGKFQEEANIYAAKTAVTA
Os sugiero que modifiquéis el código del ejemplo anterior 2.7.5 para convertir la matriz impresa en una tabla asociativa donde la clave sea un par de aminoácidos y el valor su coste. Sería conveniente imprimir el alineamiento con el coste de cada pareja de aminoácidos alineados, para localizar las zonas más confiables del alineamiento.