Ejercicio propuesto

Espero que a estas alturas ya esté claro qué es un perfil y qué diferencia PSI-BLAST de BLAST. Aprovechando que tenéis ya cierta práctica en la programación se pide que:

• escribáis un programa para alinear perfiles generados por PSI-BLAST, también llamados position-specific scoring matrices (PSSMs). Podéis utilizar estos ejemplos en Perl de Cedric Notredame para empezar vuestro trabajo, que podrá ser en cualquier lenguaje compilable en Linux.
• el programa podrá realizar alineamientos locales (Smith y Waterman) y globales (Needleman y Wunch)
• el programa podrá alinear un PSSM contra una secuencia arbitraria, lo que permitirá buscar dominios de proteínas (uno por PSSM) dentro de secuencias problema.