Cuando alineamos secuencias enteras hablamos de alineamientos globales ; por el contrario, cuando buscamos sólo alinear las subsecuencias más parecidas, hacemos alineamientos locales .
El alineamiento más sencillo es entre 2 secuencias, en inglés pairwise . Cuando alineamos a la vez más de 2 secuencias hablamos de alineamientos múltiples .
Podemos condensar un alineamiento múltiple de proteínas en un perfil , que es algo así como una matriz de sustitución de aminoácidos que en vez de ser 20x20 toma la forma Nx20, donde N es la longitud del alineamiento.
Además de usar matrices de sustitución para guiar la construcción de un alineamiento podemos usar fuentes de información adicionales. Estas fuentes de información deben poder ser codificadas en forma de secuencia también para que sean útiles.