Example 2

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#### Practica de LCG para la materia de BioInformatica aplicada      ####
#### Contiene: intrucciones para la ejecucion de ejemplos            ####
#### includios en bioconductor utiles para visualizar  problemas     ####
#### en microarreglos                                                ####
####                                Rosa Maria Gutierrez 15/02/07    ####
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## cargar libreria de Affymetrix
library ("affy")

## Instalar librerias de ejemplos
#source("http://www.bioconductor.org/getBioC.R")
#getBioC("SpikeInSubset")
#getBioC("affydata")
#getBioC("affycomp")


## instruccion util: Leer archivos CEL del directorio actual
#  Data<- ReadAffy() 

## Cargar libreria del ejemplo de Bioconductor, para visualizar datos

library("SpikeInSubset")
data("spikein95")  ## llamar los datos contenidos en la libreria

## Graficas para visualizar la distribucion de los datos en los microarreglos
 
hist(spikein95)  ## hacer un historgrama con los datos
boxplot(spikein95)  ## hace una grafica de caja y bigotes


## Cargar libreria del ejemplo de Bioconductor, diluciones

library ("affydata")
data(Dilution)

pm(Dilution, "1001_at")[1:3, ] ## ver un pedazo de vector de pm
mm(Dilution, "1001_at")[1:3, ] ## ver un pedazo de vector de mm

## Graficar intensidades entre probes
matplot(pm(Dilution, "1001_at"), type ="l", xlab ="Prob No." , ylab="PM Probe
intensity")

## Graficar intensidades entre arrays
matplot(t(pm(Dilution, "1001_at")), type ="l", xlab ="Array No.", ylab="PM Probe
intensity")

## accesar informacion fenotipica
pData(Dilution)

data(rma.assessment)
data(mas5.assessment)
affycompPlot(rma.assessment$MA)
affycompPlot(rma.assessment$Signal,mas5.assessment$Signal )